Brun senap har använts i århundraden som medicin för att behandla tillstånd som sträcker sig från enkla tandvärk till svåra kramper hos små barn. Hänvisningar till senap som ett läkemedel betyder vanligtvis brun senap. Sådan medicin utvinns vanligtvis från dess löv och frön. Under antiken värderade grekerna senapens medicinska egenskaper så högt att de ansåg det vara en gåva till mänskligheten, skapad av Asciepious, helandeguden.
Den vanligaste användningen av senap som medicin är extern som liniment, grötomslag eller gips. Senapsolja, genom att lätt irritera huden, stimulerar cirkulationen, vilket lindrar muskelsmärtor. Senap omslag har tillskrivits lindra vissa fall av bronkit och lungsäcksinflammation.
När de intas internt i små mängder, kan ingredienserna i senap användas som ett laxermedel eller för att förbättra matsmältningen. Dessutom, tagna i milda doser, tenderar extrakten att lätt inflammera magen, vilket orsakar svett. Att svettas är ibland till hjälp vid behandling av feber, förkylning och influensa. Frön, intagna i stora mängder, kan framkalla kräkningar. Att dricka en tesked frön i ett glas vatten orsakar vanligtvis kräkningar inom 10 minuter. Denna behandling används därför ibland vid akutbehandling av alkohol- eller drogöverdoser.
I Indien bryggs senap i ett te för att lindra muskel- och skelettsmärtor och för att behandla feber och förkylning. Kineserna använder dessutom medicinsk senap för att behandla sår, bölder och smärta till följd av reumatism och ländryggen. De anser att bladen är särskilt användbara för att behandla inflammation i urinblåsan.
Ytterligare medicinska användningar av senap inkluderar att attackera gift från ormbett och skorpionsstick, lindra smärta från blåmärken eller stel nacke och lindra kolik- och andningsproblem. Olja från senapsfröskal sägs främja hårväxt. Det har också citerats som ett medel som hjälper till att bota ringorm.
Brun senap används också ibland som kosttillskott för att öka kroppens nivåer av järn, zink, krom och selen. Dess olja används ofta vid administrering av massageterapi. Inte all användning av brun senap är fördelaktig. Brun senap innehåller en mycket luktande och irriterande kemikalie, allylisotiocyanat. Denna förening har använts för att producera senapsgas som ett kemiskt vapen i tider av krig.
Frön och blad av brun senap innehåller flera komplexa kemikalier. De inkluderar enzymer, glukosinater, svavel, protein och mucilage. På grund av dessa kemikaliers verkan använde vissa kirurger tidigare en pasta av brun senap för att desinficera sina händer innan de opererade patienter.