En inombordsmotor är en med endast en liten del av drivaxeln, tillsammans med propellern, nedsänkt i vatten. Vanligtvis, i sådana fall, är huvuddelen av inombordsbåtsmotorn placerad i båten, vanligtvis nära centrum, särskilt i mindre båtar. Inombordsbåtsmotorer har vissa fördelar och nackdelar när det gäller att kryssa vattnet.
I de flesta fall är inombordsmotorer att föredra för vattenskidor och kanske allmän cruising. De tar vanligtvis kortare tid att nå ett plan och orsakar inte att fören höjs lika mycket som en utombordare när de når det planet. Detta är också bra för båtägare som oroar sig för de där få sekunderna när de kanske inte kan se direkt vad som finns framför dem. Inombordsmotorn gör detta möjligt eftersom den inte slösar så mycket energi på att höja framsidan av båten.
Dessutom är inombordsmotorn populär för skidåkare eftersom den håller mer av båten i kontakt med vattnet. Detta kan göra det lättare att vakna och en smidigare skidupplevelse. Ändå kanske vissa skidåkare föredrar utmaningen som kommer tillsammans med större vak och föredrar dem för aktiviteter som wake jump.
Något ges dock också upp med en inombordsmotor. Det faktum att den är i kontakt med vattnet så mycket, åtminstone jämfört med utombordare, betyder att det är betydligt mer motstånd för båtarna. Detta kan sakta ner båten jämfört med utombordsmotorer med liknande hästkrafter. Därför kanske inombordsmotorn inte är det bästa valet när hastigheten är en viktig faktor.
Detta är bara en anledning till varför turneringsfiskare, som de som letar efter bas eller andra viltfiskarter, föredrar utombordsmotorer. Dessutom har inombordsmotorbåten begränsad förmåga att luta upp drivaxeln för att komma in på grundare vatten där fisk ibland finns. Detta jämförs med utombordsmotorer som vanligtvis kan lyftas helt eller nästan helt ur vattnet för att komma åt sådana områden.
Vissa hävdar att inombordsmotorer tenderar att hålla längre än utombordare. Detta kan dock bortförklaras som en personlig preferens eller en fråga om tur. Tvåtaktsmotorer tenderar att slitas ut snabbare än fyrtaktsmotorer och inombordare är huvudsakligen fyrtaktsmotorer. Men moderna utombordare är nästan alla fyrtaktsmotorer också, vilket gör att denna distinktion inte längre gäller, åtminstone för nyare modeller. En inombordsmotor brukar också kosta lite mer än en jämförbar utombordsmotor, vilket kan ge vissa uppfattningen att kvaliteten bara är något bättre.