Några av de största nackdelarna med Customer Relationship Management (CRM) uppstår när proffs inte använder programvara på ett sätt som är fördelaktigt för deras organisationer. När säljare försummar att uppdatera kundregister, till exempel, slutar programvaran med att kosta mer än den gynnar ett företag. Ett system för hantering av kundrelationer som är felaktigt implementerat kan också orsaka problem för ett företag. Om en chef bestämmer sig för att implementera den här typen av system, till exempel, men inte inkluderar alla avdelningar, kan informationen som genereras av vara felaktig. Vissa motståndare pekar på andra nackdelar med kundrelationshantering, såsom avpersonalisering av försäljningsprocesser, svårigheterna att implementera dessa system i redan existerande affärssystem och de jämförelsevis tidskrävande uppgifterna i samband med att hämta och registrera data.
Kundrelationshantering är en strategi som gör det möjligt för sälj- och marknadsföringspersonal att registrera, komma åt och spåra information relaterad till kunder och potentiella kunder. Denna strategi kräver normalt användning av datorprogram som tillåter användare att föra register som kan hjälpa proffs att avgöra hur de ska sälja och marknadsföra till nya kunder och hur de ska tillfredsställa nuvarande kunder. Förespråkare av kundrelationshantering tror att det är ett mer kostnadseffektivt sätt för service- och detaljhandelspersonal att öka lönsamheten.
En av de vanligaste nackdelarna med CRM är att det kan leda till avhumanisering i försäljningsprocesser. Istället för att lära sig av förstahandserfarenhet vilka tjänster och produkter kunder föredrar, får säljare tillgång till information som lagras digitalt i databaser. Vissa proffs tror att försäljning är mest effektivt när säljare kan tilltala kunder på en visceral nivå.
Vissa kritiker pekar på de tekniska nackdelarna med kundrelationshantering. I de flesta fall är dessa system implementerade i affärssystem som redan kan innehålla ett komplicerat nätverk av mjukvara och hårdvara. Vissa säljare har upptäckt att system för hantering av kundrelationer kanske inte är kompatibla med andra hanteringssystem. Detta kan leda till förvirring bland användare och inkonsekventa resultat.
En av de vanligaste fördelarna med kundrelationshantering är att det hjälper organisationer att minska kostnaderna och bli mer effektiva. Belackare menar dock att det motsatta är sant. Mängden tid det kan ta för proffs att komma åt och registrera data anses av vissa vara längre än den tid det tar att använda konventionella arkiveringsmetoder. Andra belackare pekar på den tid och pengar som krävs för att utbilda anställda att använda ny programvara.