Gula feberinjektioner har liknande biverkningar som andra vacciner. De flesta personer med biverkningar upplever endast lindriga obehag: platsen för skottet kan bli öm, blåmärken och svullen; det kan också finnas en mild feber åtföljd av värk och frossa. De få personer som har svåra symtom kan uppleva andningssvårigheter, beteendeförändringar, kramper, hög feber, oregelbunden hjärtrytm, nässelfeber och andra symtom som kräver omedelbar medicinsk behandling. Biverkningar av injektioner med gula febern uppträder vanligtvis inom den första timmen efter att ett spruta har getts, men de kan också utvecklas inom 30 dagar efter injektionen.
Läkare ser mer noggrant efter biverkningar hos personer som aldrig har fått injektioner med gula febern. Utan en historia av vaccination är det omöjligt att veta hur en person kommer att reagera. De som har fått injektionen och inte upplevt några biverkningar är extremt osannolikt att utveckla biverkningar med återkommande skott.
Många människor upplever endast lindriga effekter efter en gul feberspruta, såsom ömhet eller stelhet på injektionsstället. En person som är lätt öm kan också uppleva rodnad, blåmärken och kanske svullnad på injektionsstället. En mild och kortvarig feber kan också förekomma. För sådana symtom är medicinsk behandling ofta inte nödvändig; symtomen bör försvinna med tiden. Om man vill kan de ta receptfria läkemedel för att lindra feber och ömhet.
De som upplever svåra symtom bör omedelbart söka medicinsk behandling. Allvarliga biverkningar från injektioner med gula febern beror i allmänhet på allergiska reaktioner och kan vara dödliga. Vanligtvis är de som drabbas av sådana reaktioner allergiska mot kycklingar, ägg eller gelatin – alla vanliga ingredienser i vaccinationer.
De som har sådana allergier uppmuntras att undvika att resa till delar av Afrika och Sydamerika, där gula feberviruset är vanligt. Om en person med ägg- eller kycklingallergi måste resa till sådana regioner, kan en läkare fortfarande rekommendera ett vaccin mot gula febern om insjuknande av viruset tros vara mer livshotande än en allergisk reaktion från skottet. Läkare kan ge vaccinationen i mindre doser i hopp om att framkalla en mindre allvarlig allergisk reaktion.
Vissa demografier är mer benägna att drabbas av allvarliga biverkningar av injektioner med gula febern än andra. Som nämnts är de med fjäderfäallergi i riskzonen. Gravida kvinnor rekommenderas också att inte få vaccinet, eftersom det kan skada ofödda barn. De med svagt immunförsvar och som har upplevt organsvikt till följd av en allvarlig sjukdom kan också avrådas från injektionen. Barn under nio månaders ålder, och särskilt de yngre än sex månader, anses vara särskilt sårbara för negativa biverkningar.