Strukturen hos amylas, ett enzym som bryter ner stärkelse och komplexa sockerarter till enkla sockerarter, är vanligtvis ganska enkel, men enzymet spelar en viktig roll i matsmältningen av kolhydrater. Det finns två olika varianter av denna molekyl, som kallas alfa-amylas och beta-amylas. Människokroppen har två typer av alfa-amylas, en i saliv och en i bukspottkörteln. Båda molekylerna är viktiga för kolhydratsmältningen, eftersom kroppen inte kan smälta komplexa sockerarter och stärkelser utan att först bryta ner dem. Beta-amylas finns inte i människokroppen och finns vanligtvis i växter och frön.
Även om strukturen och typen av amylas kan variera mellan organismer, finns det några egenskaper som alla amylasmolekyler har gemensamma. Alfa- och beta-amylaser innehåller båda en struktur som kallas en fatregion, som bidrar med mycket av enzymets övergripande form. Enzymerna har också alla ett viktigt område som kallas en aktiv plats. Detta är den del av enzymet som binder till ett komplext socker eller stärkelse för att bryta ner det. Processen att bryta ner kolhydrater på det aktiva stället involverar interaktioner mellan flera grupper av atomer och joner, både på det aktiva stället och på kolhydratmolekylen.
I människokroppen är strukturen av amylas liknande oavsett om det finns i saliv eller i bukspottkörteln. Båda mänskliga varianterna av amylas är små molekyler som består av en enda kedja av byggstenar som kallas aminosyror. Aminosyrakedjan bildar tre distinkta regioner som kallas domäner, och varje domän har en specifik biologisk funktion som hjälper till med kolhydratnedbrytning. Två av dessa domäner är tätt associerade med varandra, medan den tredje domänen kan variera avsevärt mellan amylaser. Trots deras likhet är saliv- och pankreasamylaser inte utbytbara; bukspottkörtelamylas slutar vanligtvis jobbet som salivamylas började.
Även om strukturen för amylas vanligtvis är enkel, finns det vissa varianter som är betydligt mer komplexa än de flesta. De flesta alfa-amylaser är mycket lika i längd, men vissa viker sig till mer än de tre vanliga domänerna. Vissa beta-amylaser är enorma jämfört med alfa-amylaser, och innehåller fyra separata aminosyrakedjor istället för en. I detta fall byggs en struktur av amylas fyra gånger större än de flesta andra. Många välbekanta matgrödor innehåller denna typ av amylas, inklusive korn, sojabönor och sötpotatis, men storleken på amylasmolekylen gör ingenting för att förbättra eller förringa växtens näringsegenskaper.