En flaggskeppsart är en art från växt- eller djurriket som används för att representera en viss miljöfråga eller orsak. Det finns ett antal typer av problem som kan representeras av en flaggskeppsart. Till exempel har isbjörnen använts som en art för att öka medvetenheten om vad den globala uppvärmningen gör med planeten. Det har tagits fotografier och videor tagna av isbjörnar som står ovanpå smältande bitar av flytande is. Syftet med dessa bilder är att försöka få människor att förstå att den mänskliga påverkan på jorden har lett till global uppvärmning som skapar ett stort antal problem, inklusive att skapa livsmiljöproblem för djur som lever i glaciärområden.
Mycket ofta kommer en flaggskeppsart att väljas på grund av dess attraktivitet eller för att den har unika egenskaper. I många fall förbises andra arter eftersom de av en eller annan anledning inte ses som sensationella eller inte verkar ha den typen av tilltal som kommer att få samma intresse som en av stora grupper av valar. Även om ett stort antal arter kan dra nytta av eller åtminstone få skydd från en viss ansträngning från en organisations sida, är det flaggskeppsarterna för den organisationen som kommer att användas för att dra supportrar.
Ibland används också unga medlemmar av arten för att få sympati för en viss sak. I exemplet med isbjörn finns en video av en isbjörnsmamma som simmar bort från sin bebis på jakt efter mat; bebisen får stå på det lilla flytande isblocket, till synes övergivet och ensamt. Eftersom det är känt att de flesta människor har en känslomässig reaktion på unga djur, kan det vara en mycket effektiv marknadsföringsstrategi att använda en isbjörnsunge för att få ut budskapet om global uppvärmning.
Ibland kommer en flaggskeppsart att användas som representant för en miljökatastrof. Till exempel sköt ett fotografi av en brun pelikan dränkt i olja i höjden genom media och via nyhetskällor på nätet och blev snabbt ansiktet utåt för miljökatastrofen i Mexikanska golfen som var ett resultat av BP:s oljeutsläpp. Detta var inte bara en av de första tillgängliga bilderna av ett djur dränkt i olja, utan den bruna pelikanen fungerade som den perfekta flaggskeppsarten för detta evenemang eftersom det också råkar vara Louisianas statliga fågel.