Sejarah bendera negara bagian Mississippi termasuk pemisahan negara dari Uni, Rekonstruksi, dan pemungutan suara di abad ke-21 untuk mengubah desain lama. Mississippi tidak memiliki bendera dalam catatan sampai memisahkan diri dari Uni pada tahun 1861 dan menciptakan satu untuk mewakili negara berdaulat baru Mississippi. Pada tahun 1894, badan legislatif negara bagian memutuskan untuk membuat bendera baru yang bertepatan dengan tempat negara bagian di negara yang bersatu kembali. Bendera itu telah menjadi bendera resmi negara bagian Mississippi selama 107 tahun ketika pemungutan suara diadakan untuk mengubah desain tradisional atau tidak.
Keputusan rakyat Mississippi untuk memisahkan diri dari Uni mendorong perlunya bendera negara bagian Mississippi. Mereka awalnya mengadopsi Bendera Biru Bonnie yang telah digunakan oleh bekas Republik Florida. Bendera ini hanya berlatar belakang biru dengan bintang putih di tengahnya dan hanya menjadi bendera resmi selama beberapa minggu. Badan legislatif dengan cepat mengubahnya dengan memindahkan kotak biru dan bintang putih ke sudut latar belakang putih, menambahkan pohon magnolia ke tengah dan bilah merah ke samping.
Setelah negara bagian bersatu kembali pada akhir Perang Saudara, Mississippi membuat bendera baru dengan bendera pertempuran Konfederasi di sudut dan garis merah, putih, dan biru melintasinya. Bendera ini mengirimkan pesan yang beragam tentang asal-usulnya. Misalnya, bendera pertempuran Konfederasi bagi kebanyakan orang tampak seperti simbol keanggotaan Mississippi di Konfederasi, tetapi deskripsi resmi dari bendera tersebut menyebutnya sebagai Union square. Ada 13 bintang yang mengisi salib yang dapat melambangkan 13 koloni asli atau 13 negara bagian yang merupakan bagian dari Konfederasi.
Ambiguitas semacam ini dalam arti bendera negara bagian Mississippi membuat beberapa orang mempertanyakan validitasnya di abad ke-20. Pada tahun 2001, Gubernur Musgrove menandatangani sebuah undang-undang, yang mengizinkan rakyat Mississippi untuk memilih apakah bendera lama dipertahankan atau diubah ke desain baru yang akan mengurangi kontroversi. Desain baru memiliki garis-garis merah, putih, dan biru yang sama, tetapi alun-alun sudut berubah menjadi latar belakang biru dengan 19 bintang kecil dan satu bintang besar yang mewakili Mississippi dan 19 negara bagian lainnya yang merupakan bagian dari Persatuan pada tahun 1817. mayoritas memilih bendera negara bagian Mississippi untuk tetap seperti itu selama lebih dari 100 tahun.