Metronidazol adalah antibiotik yang paling sering digunakan untuk mengobati rosacea, trikomoniasis, dan vaginosis bakteri. Badan Pengawas Obat dan Makanan AS (FDA) mengklasifikasikannya dalam Kategori Kehamilan B, yang biasanya berarti penelitian pada hewan tidak menunjukkan efek buruk pada janin. Obat ini, bagaimanapun, telah menunjukkan bukti bahwa itu meningkatkan risiko kanker ketika digunakan pada tikus hamil, itulah sebabnya wanita hamil sering disarankan untuk menghindari metronidazol selama kehamilan jika memungkinkan. Bukti yang bertentangan berarti dokter dapat meresepkan metronidazol pada kehamilan hanya ketika mereka merasa itu adalah satu-satunya obat yang dapat menghilangkan infeksi bakteri tertentu, tetapi mereka cenderung setidaknya menunggu sampai trimester pertama berlalu.
Obat ini telah ditempatkan dalam Kategori Kehamilan B karena penelitian yang melibatkan hewan tidak memberikan bukti adanya bahaya yang datang pada ibu atau janin. Namun, mereka menemukan bahwa obat ini dapat menyebabkan keguguran jika disuntikkan langsung ke perut hewan hamil. Selain itu, tampaknya obat ini dapat bertindak sebagai karsinogen, karena tikus dan tikus yang diberi metronidazol selama kehamilan lebih mungkin untuk mengembangkan kanker daripada yang tidak minum obat. Sementara manusia dan hewan sering bereaksi berbeda terhadap pengobatan, tidak ada penelitian yang telah diselesaikan untuk menunjukkan apakah obat ini meningkatkan risiko kanker pada manusia, oleh karena itu harus digunakan dengan hati-hati.
Meskipun metronidazol pada kehamilan mungkin diresepkan oleh dokter yang percaya bahwa itu adalah satu-satunya pengobatan untuk masalah tersebut, biasanya tidak seharusnya diambil pada trimester pertama. Ketika digunakan kemudian dalam kehamilan, sering dipecah menjadi dosis kecil, karena mengambil satu dosis besar mungkin berbahaya. Ibu menyusui juga tidak dianjurkan untuk mengkonsumsi obat tersebut, karena beberapa di antaranya berakhir di ASI, dan efeknya pada bayi tidak diketahui pada tahun 2011.
Secara umum, dokter biasanya hanya meresepkan metronidazol pada kehamilan jika manfaatnya lebih besar daripada risikonya. Misalnya, bakterial vaginosis dapat menyebabkan persalinan prematur dan berat badan lahir rendah jika tidak diobati, jadi dokter mungkin meresepkan metronidazol untuk menyingkirkan infeksi dan risiko terkait. Trikomoniasis juga dapat menyebabkan berat badan lahir rendah, persalinan prematur dan ketuban pecah dini, tetapi bukti menunjukkan bahwa pengobatan selama kehamilan tidak serta merta mengurangi risiko ini dan bahkan dapat meningkatkannya. Untuk alasan ini, itu hanya dapat diobati ketika gejalanya ekstrem. Demikian pula, menggunakan metronidazol pada kehamilan untuk mengobati rosacea mungkin tidak tepat kecuali jika kasusnya parah, karena kondisi ini jarang menyebabkan kerusakan jangka panjang pada ibu atau janin, yang berarti pengobatan seringkali dapat menunggu sampai bayi lahir.