Makanan yang dimodifikasi secara genetik (GM) telah menimbulkan kontroversi di antara para ilmuwan, pecinta lingkungan, dan aktivis ekonomi. Makanan GM ditanam dari tanaman yang gennya telah direkayasa untuk mengubah kimia atau biologinya agar tahan terhadap kekeringan, serangan serangga, penyakit, dan membuat makanan yang dihasilkan kaya akan vitamin dan mineral, lebih besar, lebih enak, atau memiliki umur simpan yang lebih lama.
Bioteknologi makanan yang dimodifikasi secara genetik kontroversial bagi penentang yang takut akan efeknya pada kesehatan manusia dan lingkungan. Misalnya, mereka bertanya-tanya apa artinya menggunakan gen dari spesies hewan atau tumbuhan yang tidak dapat dimakan dalam spesies hewan atau tumbuhan yang dapat dimakan, bahkan jika makanan yang dihasilkan memiliki jumlah vitamin atau mineral yang lebih tinggi dan tampaknya lebih sehat. Ini adalah perbedaan utama antara tanaman pangan yang dimodifikasi secara genetik dan tanaman yang telah dibiakkan secara selektif, seperti jagung atau sapi, untuk rasa, daya tahan, atau kemudahan perawatan. Misalnya, bahan kimia pada ikan tertentu yang memungkinkan mereka menyelam jauh ke dalam air dingin sekarang membantu tanaman stroberi menahan embun beku ringan. Signifikansi atau efek jangka panjang dari bioteknologi belum sepenuhnya dievaluasi, meskipun belum ada risiko yang terdeteksi.
Kedua, pertanian makanan yang dimodifikasi secara genetik kontroversial bagi para petani yang khawatir bahwa petani tidak dapat menjaga serbuk sari dari tanaman transgenik yang menghasilkan makanan GM dari penyebaran dan pemupukan rekan-rekan liar, atau nontransgenik. Penentang ini meminta perhatian pada kerusakan yang dapat terjadi jika galur spesies yang dimodifikasi secara genetik bocor ke alam liar dan membahayakan keseimbangan alami ekosistem tumbuhan. Akankah spesies hibrida tidak lagi tahan terhadap jenis infestasi tertentu karena mereka direkayasa tanpa racun? Mungkinkah mereka menjadi tidak mampu bereproduksi? Bioengineer berpendapat bahwa penyerbukan silang menimbulkan risiko yang dapat diabaikan karena serbuk sari harus menempuh jarak jauh melalui “parit” yang dibangun antara tanaman rekayasa genetika dan spesies lain, dan tidak ada kebocoran seperti itu yang terjadi.
Kekhawatiran ekonomi internasional telah menyebabkan reaksi kontroversial di antara para pendukung ekonomi negara-negara berkembang. Ketika sebuah perusahaan besar dapat memanipulasi tanaman pangan dengan departemen penelitian dan pengembangan yang besar, mereka mengamankan makanan rekayasa genetika yang sangat sukses. Ada yang mengatakan ini memberi mereka keuntungan yang tidak adil atas metode tanam tradisional petani, yang pada gilirannya menciptakan ketergantungan jangka panjang pada korporasi. Misalnya, satu perusahaan merekayasa beras dengan lebih banyak vitamin, daya tahan yang lebih besar, dan kemudahan pertumbuhan. Mereka menjual benih yang tidak dapat berkembang biak sendiri karena tanamannya tidak subur, yang berarti petani harus membeli benih setiap musim. Beberapa percaya ini menciptakan ketergantungan yang tidak perlu dari negara-negara berkembang pada beberapa perusahaan raksasa untuk menyediakan semua benih dan herbisida dari tahun ke tahun untuk menuai hasil dari makanan yang dimodifikasi secara genetik. Yang lain melihat ini sebagai perpanjangan alami dari sistem kapitalis internasional yang membutuhkan regulasi yang cermat tetapi tidak memiliki masalah intrinsik.