Perbedaan antara protozoa dan metazoa adalah bahwa protozoa adalah organisme uniseluler sedangkan metazoa adalah multiseluler. Definisi metazoa relatif jelas untuk sebagian besar contoh, seperti halnya protozoa, meskipun keduanya memiliki tepi yang kabur. Istilah “protozoa” (berarti “hewan pertama”) mengacu pada organisme uniseluler mirip hewan, sedangkan organisme uniseluler mirip tumbuhan disebut alga. Tetapi ada organisme yang mengaburkan keduanya: misalnya, alga Dinobryon memiliki kloroplas, tetapi ia juga dapat bergerak dan memakan bahan organik. Banyak organisme uniseluler yang tampaknya juga mengatur diri mereka sendiri menjadi koloni seperti benang atau bulat, seperti cyanobacteria atau Volvox chrolophyte.
Istilah “protozoa” pada dasarnya mencakup semua organisme uniseluler yang bukan hewan, tumbuhan, bakteri, atau jamur. Menurut definisi, setiap anggota kingdom Animalia adalah multiseluler, dan nama lain kingdom sebenarnya adalah Metazoa. Organisme uniseluler fotosintetik stasioner bukanlah protozoa sebagian karena akhiran -zoa berarti hewan, dan ini jelas sama sekali tidak mirip hewan. Protozoa selalu motil, karena tidak ada protozoa yang dapat bertahan hidup dengan filter-makan stasioner, berbeda dengan banyak hewan seperti spons, karang, teritip, keong, dan brakiopoda yang melakukannya.
Ukuran protozoa berkisar antara 10-50 mikron (sepersejuta meter), tetapi beberapa spesies berukuran hingga 1 mm. Metazoan berkisar dari sekitar 50 mikron, seperti pada copepoda terkecil, hingga Paus Biru (34 m atau 111 kaki), ubur-ubur surai singa (36.5 m atau 120 kaki), dan cacing bootlace (55 m atau 180 kaki). Dinosaurus yang punah Amphicoelias fragillimus mungkin berukuran 60 m (197 kaki) atau lebih. Jadi seperti yang kita lihat, metazoa terbesar mungkin satu juta kali lebih besar dari protozoa biasa, meskipun sebagian besar metazoa berukuran kecil, kurang dari satu mm panjangnya. Metazoa makroskopik seperti manusia adalah minoritas.
Diperkirakan bahwa metazoa berevolusi dari protozoa sekitar 600 juta tahun yang lalu, meskipun bukti sistematika molekuler menunjukkan lebih awal. Karena hewan metazoa pertama pasti sangat kecil dan hanya terdiri dari jaringan lunak, mereka tidak akan memfosil dengan baik, meskipun salah satu fosil metazoa paling awal yang diketahui, hewan bulat kecil yang disebut Vernanimalcula guizhouena, adalah makhluk lunak yang hanya 0.1 sampai 0.2 mm, hampir tidak cukup besar untuk dilihat, dan kira-kira selebar rambut manusia.