Penyebab disleksia belum sepenuhnya dipahami, tetapi diyakini sebagian besar turun temurun. Penyebab lain dari disleksia dapat mencakup gangguan pendengaran pada anak usia dini, yang dapat menyebabkan anak-anak yang masih sangat kecil salah memahami bunyi kata dan huruf yang tepat. Beberapa ahli percaya bahwa disleksia terjadi karena perbedaan struktur atau fungsi otak. Otak penderita disleksia mungkin mencoba memproses bahasa lisan dan tulisan di sisi kanan otak, sedangkan otak orang yang tidak menderita disleksia berusaha memproses bahasa di sisi kiri. Yang lain percaya bahwa disleksia terjadi ketika otak secara keseluruhan tidak terbentuk dengan benar, atau bahwa kombinasi dari semua faktor ini mungkin bertanggung jawab untuk disleksia.
Beberapa ahli berpendapat bahwa gangguan pendengaran pada anak yang masih sangat kecil dapat menyebabkan mereka menderita disleksia. Argumen untuk teori ini adalah bahwa anak-anak kecil ini salah mendengar dan salah menafsirkan bunyi bahasa itu, dan mungkin mengalami kesulitan mencocokkan huruf dengan bunyi yang benar.
Yang lain percaya bahwa masalah dengan perkembangan atau fungsi otak adalah salah satu penyebab utama disleksia. Beberapa peneliti berpikir bahwa otak penderita disleksia tidak terbentuk dengan tepat, sehingga koneksi saraf yang diperlukan untuk pemahaman bahasa yang normal tidak terbentuk. Yang lain lagi berpikir bahwa otak penderita disleksia berusaha untuk menafsirkan bahasa di sisi kanan otak. Diyakini bahwa otak orang normal menafsirkan bahasa di sisi kiri otak, sehingga seseorang yang menggunakan otak kanannya untuk menafsirkan bahasa mungkin berada pada kerugian yang signifikan.
Diyakini bahwa faktor keturunan adalah salah satu penyebab utama disleksia. Para peneliti percaya bahwa kombinasi gen mungkin terlibat dalam perkembangan kondisi ini. Lebih lanjut telah ditemukan bahwa kembar identik dari orang-orang dengan kondisi ini biasanya sangat mungkin untuk menderita juga. Penderita disleksia biasanya sangat mungkin memiliki orang tua, kakek-nenek, bibi, paman, atau saudara kandung yang menyandang disabilitas. Banyak peneliti mengakui, bagaimanapun, bahwa penyebab disleksia tetap misterius, dan bahwa beberapa atau semua faktor ini, serta faktor-faktor yang belum diidentifikasi, mungkin bertanggung jawab atas kondisi tersebut.