Sel sistem kekebalan, seperti sel T dan sel B, memiliki protein di permukaannya yang memungkinkan mereka mengenali penyerbu asing dan menyerang mereka. Area pada protein ini dapat bervariasi dari sel ke sel, memungkinkan mereka untuk bereaksi terhadap berbagai ancaman. Kadang-kadang, sel T dan sel B diproduksi yang bereaksi terhadap protein yang diekspresikan oleh sel tubuh sendiri, yang disebut autoantigen. Penghapusan klon adalah proses yang memungkinkan sel-sel ini dinetralkan sebelum dilepaskan ke dalam tubuh, di mana mereka berpotensi mulai menyerang jaringan sehat.
Sel T diproduksi di sumsum tulang, tetapi mereka matang di timus, kelenjar di dekat jantung, dan sel B diproduksi di sumsum tulang. Terlepas dari tempat asalnya yang berbeda, kedua jenis sel ini menggunakan metode penghapusan klonal yang serupa untuk memastikan bahwa sel-sel kekebalan matang yang bereaksi terhadap autoantigen tidak dilepaskan ke dalam aliran darah. Selama proses pematangan, sel-sel ini bersentuhan dengan rentang sel yang terbatas, seperti makrofag, dan sel dendritik timus. Sel-sel ini memiliki berbagai protein permukaan, yang disebut antigen, yang mereka berikan kepada sel-sel kekebalan, sehingga sel-sel yang menghasilkan reaksi dapat disingkirkan.
Untuk menggunakan timus sebagai contoh, sel dendritik timus menggunakan proses presentasi, memungkinkan sel T untuk mencoba mengikat protein permukaan, untuk menyaring mereka untuk penghapusan klon. Sel T imatur yang bereaksi terhadap autoantigen ini membentuk kompleks protein dengan sel timus. Jika kompleks protein ini terbentuk, ia memicu urutan penghancuran diri, yang disebut apoptosis, di sel T, sehingga tidak matang dan masuk ke dalam tubuh, di mana ia berpotensi meluncurkan respons yang berbahaya jika bertemu dengan sel lain dengan protein itu.
Tubuh mengandung banyak jenis sel lain selain yang terlihat di timus dan sumsum tulang, sehingga penghapusan klon harus memperhitungkan autoantigen yang biasanya tidak ditemukan di jaringan ini. Timus melakukan ini dengan memiliki sel dendritik timus yang mengandung protein permukaan yang biasanya ditemukan di tempat lain, seperti di jaringan pankreas. Penghapusan klon kemudian dapat terjadi dengan sel-sel kekebalan yang biasanya bereaksi terhadap protein pankreas ini, dan proses serupa mengatur sel B yang matang di sumsum. Beberapa keadaan penyakit, seperti diabetes, sebagian dapat disebabkan oleh kegagalan tubuh untuk menyajikan berbagai macam antigen tubuh ke sel-sel kekebalan yang matang, yang memungkinkan sel-sel ini untuk matang dan menyerang jaringan sehat.