Mikrofauna adalah hewan kecil dan organisme uniseluler yang hanya terlihat di bawah mikroskop. Biasanya, mereka didefinisikan sebagai makhluk yang berukuran lebih kecil dari 0.1 mm (100 mikron), dengan mesofauna sebagai organisme berukuran antara 0.1 mm dan 2 mm, meskipun definisi dapat bervariasi.
Di dalam tanah, mikrofauna dapat ditemukan dalam jumlah besar — umumnya beberapa ribu per gram. Siapa pun dapat mengambil sedikit tanah basah, meletakkannya di bawah mikroskop, dan menemukan organisme ini. Beberapa contoh yang paling umum dan penting adalah protozoa (eukariota uniseluler), tungau (di antara yang paling beragam dan sukses dari semua hewan), springtails (berhubungan dengan serangga), nematoda (makhluk seperti cacing transparan), rotifera (dinamai seperti roda mereka). mulut bersilia), dan tardigrades, juga dikenal sebagai “beruang air”, salah satu organisme paling keras di alam. Mikrofauna dapat ditemukan di seluruh dunia, di mana pun ada tanah basah, dan di beberapa tempat lain juga. Springtail telah ditemukan di Lembah Kering McMurdo di Antartika, salah satu tempat terdingin dan terkering di Bumi.
Mikrofauna disertai dengan mikroflora, yang meliputi alga, bakteri, jamur dan ragi, mampu mencerna hampir semua zat organik, dan beberapa zat anorganik, seperti TNT dan karet sintetis.
Hewan yang lebih besar juga ditemukan di tanah disebut mesofauna, seperti cacing tanah, artropoda, dan nematoda besar, dan makrofauna, yang mencakup mamalia penggali seperti tikus tanah dan kelinci. Mikrofauna adalah yang paling sedikit dipahami tentang kehidupan tanah, karena ukurannya yang kecil dan keragamannya yang besar. Banyak yang merupakan anggota dari apa yang disebut “cryptozoa”, hewan yang masih belum terdeskripsikan oleh sains. Dari perkiraan 10-20 juta spesies hewan di dunia, hanya 1.8 juta yang telah diberi nama ilmiah, dan jutaan lainnya kemungkinan besar termasuk dalam kelompok ini, banyak di antaranya di daerah tropis.
Mikrofauna hidup di pori-pori kecil di antara butiran tanah, dan banyak yang hidup di air. Beberapa sessile, yang berarti mereka menempel pada substrat sepanjang hidup mereka dan tidak pernah bergerak. Hewan-hewan ini membuahi pasangannya dengan melepaskan sperma bersilia, sementara mereka sendiri tetap diam. Mereka juga dapat ditemukan di tubuh manusia, dan rata-rata rumah manusia memiliki ribuan tungau yang mencari nafkah dengan mencerna sel-sel kulit mati.