Sebagian besar organisme yang lebih tinggi memiliki beberapa cara untuk mengaktifkan sistem kekebalan mereka untuk meningkatkan pertahanan terhadap organisme yang menyerang. Imunokompetensi adalah istilah yang mengacu pada proses aktivasi ini. Lebih khusus lagi, ini berkaitan dengan cara sistem kekebalan mengenali molekul yang menunjukkan benda asing, yang disebut antigen, dan menciptakan respons yang sesuai terhadapnya. Proses ini biasanya melibatkan respon humoral atau respon yang diperantarai sel, yang menggunakan berbagai jenis sel imun.
Imunokompetensi humoral menggunakan antibodi untuk mengenali partikel asing. Antibodi ada di seluruh tubuh manusia, dan mengandung daerah yang dapat mengikat antigen, yang biasanya protein yang bukan merupakan bagian dari sel tubuh sendiri. Setelah mengikat antigen, sel sistem kekebalan di dekatnya atau yang melekat, seperti limfosit B atau sel plasma, dapat langsung menyerang penyerang. Mereka juga dapat melepaskan pesan kimia lain yang menyebabkan sel kekebalan lain datang ke daerah tersebut untuk membantu respons.
Imunokompetensi yang diperantarai sel melibatkan proses yang agak berbeda. Bentuk respon ini menggunakan limfosit T sitotoksik atau helper. Setiap jenis T-limfosit memiliki protein pada permukaannya yang dapat mengenali sel-sel yang telah memasuki keadaan penyakit, seperti yang disebabkan oleh infeksi virus atau kanker. Limfosit T sitotoksik bekerja untuk menghancurkan sel yang terinfeksi. Limfosit T penolong, di sisi lain, melepaskan senyawa yang bertindak untuk menghasilkan respons imun, meningkatkan aliran darah ke area tersebut, merekrut sel imun lain, dan menyebabkan peradangan.
Nutrisi yang tepat dapat menjadi vital bagi kemampuan individu untuk mempertahankan imunokompetensi. Orang yang tidak menerima vitamin D dalam jumlah yang cukup, misalnya, dapat mengalami gangguan kekebalan, dan jauh lebih mungkin untuk mengembangkan berbagai jenis kondisi medis, dari kanker hingga penyakit menular. Penyakit autoimun, di mana sistem kekebalan tubuh secara tidak tepat menyerang jaringannya sendiri, juga berpotensi berkembang pada orang yang tidak memiliki kekebalan tubuh.
Beberapa keadaan eksternal dapat membahayakan imunokompetensi individu. Human immunodeficiency virus (HIV), secara selektif menyerang dan menginfeksi sel-sel kekebalan sehingga mereka tidak dapat meningkatkan respons yang tepat terhadap organisme asing, yang dapat menyebabkan kematian dari kondisi yang relatif ringan pada individu yang sehat. Pasien transplantasi dapat menggunakan obat untuk meredam respon imun, untuk mencegah sistem imun menyerang jaringan asing yang ditempatkan ke dalam tubuh. Orang yang memakai obat jenis ini dapat dicirikan sebagai kekebalan yang dikompromikan, karena limfosit dan sel kekebalan lainnya mungkin tidak mampu meluncurkan respons penuh setelah mengenali antigen.