Masalah hak narapidana melibatkan keseimbangan hak yang terkait dengan menjadi warga negara yurisdiksi di mana narapidana dipenjara dengan hal-hal praktis yang melibatkan penahanan. Mungkin isu yang paling kontroversial tentang topik ini adalah hak seorang narapidana untuk memilih. Banyak yurisdiksi telah mencabut hak untuk memilih – yang disebut “pencabutan hak pilih” – dari siapa saja yang dihukum karena kejahatan tertentu. Mengingat keterbatasan penjara, hak-hak sipil seperti hak narapidana atas kebebasan berekspresi dan kebebasan beragama berada di garis depan perdebatan ini. Selain itu, dehumanisasi narapidana melalui kondisi yang buruk di penjara adalah topik yang sering menjadi sasaran kelompok advokasi narapidana.
Pencabutan hak pilih narapidana adalah topik hangat yang diperebutkan di daerah di mana hak untuk memilih dianggap mendasar bagi setiap warga negara. Misalnya, di beberapa negara bagian di Amerika Serikat, setiap orang yang dihukum karena kejahatan — yaitu, kejahatan yang diancam hukuman satu tahun penjara atau lebih — kehilangan haknya untuk memilih. Namun, banyak negara bagian telah mencabut undang-undang pencabutan hak yang pernah aktif.
Masalah hak narapidana lainnya adalah bagaimana penahanan mengganggu berbagai kebebasan sipil. Salah satu keluhan umum adalah bahwa kebebasan berekspresi seringkali dibatasi oleh penjaga penjara yang memerintahkan narapidana untuk tidak berbicara dalam bahasa yang tidak dapat dimengerti oleh penjaga. Lebih lanjut, narapidana yang menganut agama yang membutuhkan keadaan khusus untuk salat seringkali mengalami kesulitan untuk melakukannya mengingat pembatasan penahanan. Argumentasinya adalah bahwa keyakinan agama narapidana harus diakomodasi oleh lembaga pemasyarakatan untuk tujuan khusus tersebut. Di sisi lain, penjara berpendapat bahwa menjadi sasaran penahanan melibatkan pengurangan hak-hak dasar tersebut.
Mungkin isu hak narapidana yang paling banyak dibicarakan adalah kondisi lembaga pemasyarakatan yang menampung narapidana. Kepadatan penjara merupakan isu yang sering dibicarakan oleh para pembela hak-hak narapidana. Argumentasi yang diajukan oleh organisasi-organisasi ini adalah bahwa dengan membanjiri penjara-penjara ini dengan narapidana, kondisinya tidak mungkin untuk menjaga kebersihan dan narapidana menjadi rentan untuk dilukai oleh narapidana lain serta penjaga. Lebih jauh lagi, menampung lebih banyak narapidana daripada yang dapat ditangani oleh staf membuatnya tidak praktis untuk memberikan perawatan medis yang memadai kepada mereka yang membutuhkannya.