Hubungan antara antibiotik dan sistem kekebalan adalah hubungan yang kompleks yang penting untuk dipahami. Dalam banyak kasus, antibiotik diperlukan untuk mengobati berbagai penyakit dan infeksi bakteri yang, jika tidak diobati, bisa berakibat fatal. Namun, penggunaan antibiotik yang tidak perlu secara terus-menerus, atau bahkan penggunaannya yang sering untuk kondisi yang sah, sebenarnya dapat melemahkan sistem kekebalan tubuh. Akibatnya, hubungan antara antibiotik dan sistem kekebalan seringkali menjadi pedang bermata dua; orang mungkin membutuhkannya untuk bertahan hidup, tetapi potensinya juga ada bagi mereka untuk akhirnya melemahkan sistem kekebalan dan menyebabkan masalah yang lebih besar dalam jangka panjang.
Sistem kekebalan tubuh tetap dalam keseimbangan halus di dalam tubuh; salah satu aspeknya adalah dengan memproduksi bakteri sehat yang membantu pencernaan. Ketika antibiotik digunakan, mereka membunuh semua bakteri di area tubuh yang ditargetkan, bukan hanya bakteri yang merusak. Hal ini dapat menyebabkan sesuatu yang disebut ketidakseimbangan bakteri, dan dapat menyebabkan pertumbuhan berlebih dari candida, yang kemudian disebut sebagai infeksi jamur. Ini dapat mempengaruhi mulut, alat kelamin, atau area lain di tubuh. Ini hanyalah salah satu cara antibiotik dan sistem kekebalan terpengaruh, tetapi ini adalah salah satu yang paling umum.
Cara lain di mana antibiotik dan sistem kekebalan terhubung adalah ketika bakteri mulai menjadi kebal antibiotik. Jika seseorang mengkonsumsi antibiotik, dan semua bakteri tidak cukup dibunuh, atau satu bakteri mampu melawan obat, bakteri ini kemudian dapat berkembang biak dan menyebar, membutuhkan pengobatan antibiotik yang lebih agresif. Maka, mudah untuk mengikuti jalan dan melihat bagaimana penyakit atau infeksi tertentu dapat menjadi resisten antibiotik dan dengan cepat menyebar ke seluruh populasi. Ini adalah salah satu ketakutan terbesar dengan penggunaan antibiotik yang berlebihan saat ini; demikian pula, adalah alasan bahwa setelah diresepkan, pasien harus selalu menyelesaikan pengobatan sepenuhnya, bahkan jika gejalanya hilang lebih awal.
Bahkan hanya secara individu, seseorang yang sering mengalami infeksi yang memerlukan antibiotik perlu mengambil kursus yang lebih kuat dan lebih lama untuk membunuh penyakitnya, yang secara bertahap dapat melemahkan sistem kekebalan. Hubungan antara antibiotik dan sistem kekebalan juga menjadi perhatian karena mereka dimasukkan ke dalam pasokan makanan, karena mereka sering diberikan kepada hewan ternak dalam operasi pabrik; orang kemudian mengkonsumsi antibiotik dosis kecil setiap hari dan bahkan mungkin tidak menyadarinya. Meskipun antibiotik merupakan kemajuan luar biasa dalam teknologi medis, dan telah menyelamatkan nyawa banyak orang, penting untuk memahami pro dan kontra dari perawatan ini, dan hanya menggunakannya ketika benar-benar dibutuhkan.